Okulumuz Köprübaşı İlçe Merkezinde, şimdiki Köprübaşı Halk Eğitim Merkezi olarak hizmet veren tarihi binada 1938 yılında "Köprübaşı İlk Mektebi" adıyla eğitim ve öğretime başlamıştır. Köprübaşında düzenli eğitim 1920'li yıllarda Cumhuriyetin kurulması ile başlar. Daha önce Garbi ve Şarki Güneşara köylerinin cami medreselerinde dini ve ilmi tahsillerine devam eden bölgenin öğrencileri 1938 yılında Eğitim-Öğretime yeni başlayan Köprübaşı İlk Mektebinde tahsillerine devam etmişlerdir. 1938-1939 ders senesinde Köprübaşı İlk Mektebinden ilk tahsillerini bitiren 12 öğrenciye 5. sınıf Şehadetnamelerini Okul Müdür Şükrü KAYA tarafından törenle verilmiştir. 1949-1950 Eğitim-Öğretim yılı sonunda ilk defa bir kız öğrenci mezun olmuştur. 1959-1960 Eğitim-Öğretim yılında okulun adı "Köprübaşı Merkez İlkokulu olarak değişmiştir. Günümüzde Eğitim-Öğretim yaptığımız bina 1969-1970 Eğitim-Öğretim yılında tek katlı olarak tamamlanıp "Köprübaşı Ortaokulu" adıyla Eğitim-Öğretime açılmıştır. Kat ilavesi ile 30 yıla yakın bir süre hem ortaokul hem de Köprübaşı Lisesi olarak hizmet veren binanın 1997-1998 Eğitim-Öğretim yılından itibaren 4307 sayılı yasa gereği 8 yıllık İlköğretim binası olarak "Köprübaşı Merkez İlköğretim Okulu" olarak tahsis edilmiştir. 2001-2002 Eğitim-Öğretim yılından itibaren Anasınıfı ilavesi ile okulumuzda normal eğitim devam etmektedir.

30.03.2012 ve 6287 sayılı kanun gereği Köprübaşı Merkez İlköğretim Okulu; Köprübaşı Merkez İlkokulu ve Köprübaşı Merkez Ortaokulu şeklinde ayrılarak Eğitim süresi 4+4=8 yıl olarak değiştirilmiştir.